A Comissão Coordenadora do Centro de História da Universidade de Lisboa é composta pelo director e subdirectores da Unidade de Investigação e pelos coordenadores dos Grupos de Investigação.
A Comissão Externa de Acompanhamento tem a função de apreciar e avaliar os trabalhos da unidade de investigação, e emitir um parecer anual sobre a gestão científica e administrativa do CH-ULisboa e as suas realizações.